Внутри виртуального сервера можно создавать собственные версии системных библиотек или изменять существующие, владелец VPS может удалять, добавлять, изменять любые файлы, включая файлы в корневой и других служебных директориях, а также устанавливать собственные приложения или настраивать/изменять любое доступное ему прикладное программное обеспечение. В некоторых системах аппаратной виртуализации также доступны для редактирования настройки ядра операционной системы и драйверов устройств.

Каждый VPS имеет собственную копию системы, с правами доступа уровня root для Unix или Administrator для Windows, что позволяет производить компиляцию, установку собственного программного обеспечения с изменённой конфигурацией. Гарантированный минимум ресурсов (памяти, процессорного времени). Существует заблуждение, что VPS предоставляет клиенту больше ресурсов. Однако это не совсем верно: в то время как сайту, размещённому на виртуальном хостинге, доступны все ресурсы физического сервера[уточнить] (но множеству сайтов приходится конкурировать за эти ресурсы), сайту на VPS доступны лишь ограниченные ресурсы самого VPS, однако они гарантированы, и конкуренция отсутствует. Это приводит к более рациональному и эффективному использованию ресурсов, что увеличивает производительность и стабильность работы VPS. Возможность архивного копирования (бэкапа) VPS слепком всей системы. Использование технологии iSCSI позволяет обеспечивать весьма высокое быстродействие, а также даёт возможность быстрого и удобного резервирования данных.